António Pinho Vargas nasceu em 1951, em Vila Nova de Gaia. Licenciado em História pela Faculdade de Letras do Porto, completou o Curso Superior de Piano no Conservatório do Porto e diplomou-se em Composição no Conservatório de Roterdão (1990), onde estudou com Klaas de Vries como bolseiro da Fundação Calouste Gulbenkian.
Frequentou ainda cursos e seminários com Emmanuel Nunes (Lisboa), John Cage (Haia), Louis Andriessen (Amesterdão), György Ligeti (Hungria, 1991) e Franco Donatoni (Itália, 1992).
Foi distinguido com a Comenda da Ordem do Infante D. Henrique (1995), a Medalha de Mérito Cultural da Câmara Municipal de Vila Nova de Gaia (1998) e o XI Prémio Universidade de Coimbra (2012), pelo conjunto da sua obra e contributo para a música portuguesa.
Em 2023 foi nomeado para os Prémios Play da Música Portuguesa na categoria de Melhor Álbum de Música Clássica/Erudita, com o CD Lamentos.
Desempenhou funções de consultor na Fundação de Serralves (1994–2000) e no Centro Cultural de Belém (1996–1999). Lecionou Composição como Professor-Coordenador na Escola Superior de Música de Lisboa entre 1991 e 2019, onde se mantém como Professor Aposentado e Investigador-colaborador do Centro de Estudos Sociais da Universidade de Coimbra.
Doutorou-se nesta universidade com a tese Música e Poder: para uma sociologia da ausência da música portuguesa no contexto europeu (CES/Almedina, 2011), sob orientação de Boaventura de Sousa Santos e Max Paddison.
Durante vários anos esteve ligado ao jazz, tendo gravado sete discos com composições originais – Outros Lugares (1983), Cores e Aromas (1985), As folhas novas mudam de cor (1987), Os jogos do mundo (1989), Selos e Borboletas (1991), A luz e a escuridão (1996) – e atuado em diversos países da Europa, EUA, África do Sul, Macau e Cabo Verde, com músicos como Kenny Wheeler, Steve Potts, Paolo Fresu, Arild Andersen e Jon Christensen. Foi distinguido três vezes com o Prémio Sete de Ouro para Melhor Disco Instrumental.
Compôs música para teatro e cinema, colaborando com realizadores como João Botelho (Tempos Difíceis, 1988; Aqui na Terra, 1993; Quem és tu?, 2001) e José Fonseca e Costa (Cinco Dias, Cinco Noites, 1996; O Fascínio, 2003), tendo sido premiado em festivais de cinema pelas bandas sonoras de Tempos Difíceis e Cinco Dias, Cinco Noites.
Em 2008 e 2009 lançou os álbuns duplos Solo e Solo II, este último distinguido com o Prémio José Afonso em 2012. A partir da sua estada na Holanda, passou a dedicar-se sobretudo à música contemporânea, assumindo um papel central na cena musical portuguesa. As suas obras têm sido apresentadas em França, Alemanha, Holanda, Bélgica, Itália, Grécia, Dinamarca, Suécia, Espanha, Inglaterra, Polónia, Hungria, EUA, Rússia, China e Brasil.
A sua produção inclui música de câmara e solo, como Mirrors (1990), interpretada por pianistas como Ronald Brautigam, Madalena Soveral e Volker Banfield; Monodia, tocada pelo Artis Quartet, Arditti Quartet e The Smith Quartet; Três Versos de Caeiro, com o Ensemble Nuova Sincronia, Northern Sinfonia e Remix Ensemble.
Compôs também obras orquestrais como Acting Out, A Impaciência de Mahler, Six Portraits of Pain (2005), Graffiti [just forms] (2006), Um Discurso de Thomas Bernhard (2008) e An Impossible Task (2009); além de obras corais e orquestrais como a oratória Judas secundum Lucam, Joannem, Matthaeum et Marco (2002), e as óperas Édipo, Tragédia do Saber (1996), Os Dias Levantados (1998–2002) e Outro Fim (2008).
Participou no Festival Other Minds V em São Francisco (1999) e no International Music Theatre Workshop em Düsseldorf. Foi bolseiro da Fundação Rockefeller no Bellagio Study Center (2001). A sua obra foi objeto de um ciclo integral promovido pela Culturgest (2002), que também coproduziu com a RTP e LxFilmes o documentário António Pinho Vargas, notas de um compositor, realizado por Manuel Mozos e Luís Correia.
Foram editados CD monográficos como Monodia (EMI), Versos (Strauss), Os Dias Levantados (EMI), Graffiti / Six Portraits / Acting Out (Numérica), entre outros. Publicou ainda os livros Sobre Música (2002, Afrontamento) e Cinco Conferências (2008, Culturgest).
Entre os seus lançamentos mais recentes destacam-se Requiem & Judas (Naxos, 2014), Os Dias Levantados e Verses and Nocturnes (Naxos, 2015), Monodia (Warner), Magnificat – De Profundis (Warner), Concerto para Violino (mpmp, 2016) e Lamentos (Artway, 2022), que inclui três obras interpretadas pela Orquestra Metropolitana de Lisboa. Entre as suas composições mais recentes estão Requiem (2012), Magnificat (2013), De Profundis (2014), Concerto para Violino (2016), Concerto para Viola (2016), Memorial (2018), Sinfonia (subjetiva) (2019), Oscuro (2022), Collections & Translations (…varianti…) (2023) e Notebooks (2024), estreada no 46.º Festival Internacional de Música da Póvoa de Varzim.